１９３５年，英国国王批准印度政府法，印度有１１省开始享有自治权。真纳高兴地结束了他在伦敦的生活，返回印度，领导“穆盟”。接着，印度进行大选，国大党获得多数票。国大党领导人坚持一党组织内阁，拒绝与“穆盟”合作。在这种情况下，真纳感到必须建立独立的伊斯兰国家。

　　１９４０年３月，真纳主持召开“穆盟”年会，通过了著名的《巴基斯坦决议》，要求伊斯兰教徒聚居的省份脱离印度，建立一个伊斯兰国家。这个决议得到大多数伊斯兰教徒的拥护。真纳也成为他们公认的领袖。而一些反对他的组织，则向他发出了死亡威胁。几天之内，向他发出电报信件５０余封，扬言要除掉他。真纳一笑置之，不予理会.

　　１９４３年７月的一天，孟买真纳住处附近出现了一个鬼鬼祟祟的青年，这是反对组织派来的刺杀真纳的杀手。他仔细观察了四周环境，选择了最佳行动时间，藏好了利刃，向真纳住所大门走去。他向守门人行过礼，提出要见见真纳。秘书告诉他真纳现在很忙。他没有说话，径直向真纳房间走去。房门一开，正要外出的真纳与刺客打了个照面。刺客挥拳击向真纳左颊，真纳不由自主向后一仰。就在这一刹那间，刺客从腰间拔出刀子，向真纳刺去。

　　受到突然一击的真纳并没有失去控制，他见刀光一闪，马上扬手抓向刺客手腕。受到阻挡的刀锋只划伤了真纳的下颏。刺客继续挥刀刺来，真纳手臂又挨了数刀。闻声而动的人们，蜂拥上前夺下了刺客的刀子，把他扭送到了警方。尽管受到这样的威胁，真纳争取建立巴基斯坦国的信念并没有动摇。他继续竭尽全力，为此奋斗。

　　１９４２年２月，英国政府宣布给予印度完全独立，不久，新任印度总督蒙巴顿宣布了《印度独立法》，实行印、巴分治。这样，才解决了国大党与“穆盟”争执多年未能解决的问题。在真纳的领导下，“穆盟”很快批准了分治方案，开始组织政府，同年８月７日，巴基斯坦制宪会议召开，真纳以主席身份，向到会代表宣布道：“你们自由了！你们可以自由地到庙宇去，到清真寺去，或者到这个巴基斯坦国家任何其他做礼拜的地方去！不论你们属于什么宗教、种姓或信仰，都毫不妨碍我们都是同一国家的公民，而且是平等公平这一基本原则！”

　　８月１４日，真纳在他诞生的故乡卡拉奇宣誓就任巴基斯坦自治领首任总督。他的头上飘扬着他和总理制定的巴基斯坦国旗。旗上３D４是绿色，代表着穆斯林；１D４是白色，代表着少数民族。巴基斯坦国建立后，真纳更加辛勤地工作，处理着国内外各种事务。

　　终于积劳成疾，不幸染上了肺结核，１９４８年９月的一天夜晚，真纳告别了人世。１９５６年，巴基斯坦国改称巴基斯坦伊斯兰共和国，１９７１年，印度与巴基斯坦发生战争，东巴基斯坦分裂成立孟加拉国。

　　第二年，西巴基斯坦最终脱离英联邦。